A bioMérieux lança EPISEQ® SARS-COV-2, uma aplicação informática com base na nuvem para a vigilância epidemiológica das variantes do SARS-CoV-2

As mutações virais são um fenómeno que ocorre naturalmente levando ao aparecimento de variantes que podem ter características diferentes. Atualmente, circulam em todo o mundo várias variantes de SARS-CoV-2. Algumas destas variantes estão sob especial atenção devido ao seu impacto na pandemia (aumento da infeciosidade ou gravidade da infeção, possível fuga de vacinas). A vigilância genómica da circulação mutante é, portanto, essencial para a saúde pública.

Lançado a nível mundial, EPISEQ® SARS-COV-2 é uma nova aplicação destinada a identificar variantes do SARS-CoV-2 utilizando amostras de doentes positivos. Atualizada automaticamente todas as semanas, a plataforma identifica variantes baseadas em nomenclaturas internacionais* incluindo qualquer nova variante de preocupação, tal como definido pela Organização Mundial de Saúde e pelos Centros de Controlo e Prevenção de Doenças dos EUA.

EPISEQ® SARS-COV-2 é compatível com três grandes plataformas de sequenciação (Illumina, Oxford Nanopore, Thermo Fisher) e fácil de usar por qualquer laboratório de microbiologia sem conhecimentos de bioinformática ou recursos informáticos.

A aplicação permite a exportação de conjuntos de genoma viral e mutações, a fim de facilitar a apresentação de relatórios às autoridades nacionais de saúde pública e para estudos epidemiológicos.

“Os microbiologistas lidam atualmente com extensos conjuntos de dados e precisam de os traduzir em informação significativa que tenha impacto nas decisões clínicas e nas ações de saúde pública. EPISEQ® SARS-COV-2 responde inteiramente a esse desafio. Permite a análise aprofundada de dados complexos de sequenciação genética viral sem qualquer necessidade de competências bioinformáticas específicas ou de grandes investimentos em hardware.” salientou Mark Miller, Executive Vice President, Chief Medical Officer.

Com base na sua experiência em microbiologia e informática, a bioMérieux desenvolveu BIOMÉRIEUX EPISEQ®, uma plataforma informática genómica com base na nuvem que apoia laboratórios na utilização de tecnologias de sequenciação de próxima geração (NGS) e na interpretação dos seus resultados. Nesta plataforma estão a ser desenvolvidos múltiplos módulos de software baseados em NGS e em nuvens.

“A estratégia da bioMérieux consiste em aproveitar o enorme potencial dos dados de diagnóstico para apoiar a luta contra as doenças infecciosas. Assim, decidimos no início deste ano recorrer aos nossos vastos e profundos conhecimentos na área da ciência dos dados, desenvolvimento de software e bioinformática, a fim de desenvolver uma aplicação de fácil utilização para servir os nossos clientes, utilizando a sequenciação da próxima geração para identificar as variantes do SARS-CoV-2.” disse Pierre Boulud, Chief Operating Officer, Clinical Operations.

* Pango e Nextstrain